Đại học Firenze được phát triển từ Studium Generale được thành lập bởi Cộng hòa Firenze năm 1321. Studium đã được công nhận bởi Giáo hoàng Clement VI năm 1349, và được trao quyền cấp bằng. Giáo hoàng cũng quy định rằng Khoa Thần học đầu tiên sẽ ở Firenze. Studium trở thành một trường đại học đế quốc năm 1364, nhưng được dời đến Pisa năm 1473 khi Lorenzo de' Medici đã giành được quyền kiểm soát Firenze. Charles VIII dời trường lại chỗ cũ từ 1497-1515, nhưng trường lại bị dời đến Pisa một lần nữa khi dòng họ Medici trở lại nắm quyền lực.

Năm 1859 trường trở thành Istituto di Studi Pratici e di Perfezionamento, một năm sau, trường được công nhận là một đại học chính thức bởi chính phủ Ý thống nhất. Năm 1923 Istituto đã được Quốc hội Ý chính thức công nhận là một trường đại học.